Film přímo navazuje na události snímku Resident Evil: Odveta. Alice (Milla Jovovich) jako jediná přežije klíčový střet s nemrtvými, který měl rozhodnout o osudu lidstva. Nyní se Alice musí vrátit tam, kde celá katastrofa začala - do podzemního komplexu Hive v Raccoon City, kde společnost Umbrella Corporation hromadí své síly a chystá finální útok proti posledním hrstkám lidí, kterým se apokalypsu dosud podařilo přežít.