Poté, co se Sonic usadil v Green Hills, je připraven na větší svobodu a Tom (James Marsden) a Maddie (Tika Sumpter) se dohodnou, že ho nechají doma, zatímco jedou na dovolenou. Ale sotva jsou pryč, když se Dr. Robotnik (Jim Carrey) vrátí, tentokrát s novým partnerem Knucklesem hledat smaragd, který má moc budovat a ničit civilizace. Sonic se spojí se svým partnerem Tailsem a společně se vydají na cestu za smaragdem, než se dostane do špatných rukou.